目前，全国人大常委会正在修订《民办教育促进法》，税收政策既是民办教育分类管理的有力杠杆，也是政府对民办教育进行宏观调控和公益引导的重要政策工具。但是，由于现行法律法规中没有明确界定，致使长期以来财税对民办教育的扶持政策难以落地。主要表现在：
一、法人属性模糊，无法享受事业单位税收优惠政策
1998年国务院颁布了《民办非企业单位登记管理暂行条例》，民办学校一般登记为“民办非企业单位”，未与1986年《民法通则》规定的法人分类对接。2002年颁布《民办教育促进法》后，把民办教育事业定性为公益事业，规定民办学校应当具有法人条件，但仍未明确法人属性，各省也都未出台具体办法。在各地行政实践中，“民办非企业”法人意味着不是“事业”法人，行政部门就会把民办学校按照“企业”法人对待，税收按企业规定办理。
二、税收优惠政策难以落实，无法享受和公办教育同等待遇
2004年财政部、国家税务总局发布的《关于教育税收政策的通知》规定：“对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税。”因民办学校利用非国家财政性经费举办，其收入不可能纳入预算内管理，也难以纳入预算外的资金专户管理，所以即使是对从事学历教育民办学校的学费收入也会征收企业所得税，导致民办学校连带地不能享受免征房产税、城镇土地使用税、营业税等公办学校待遇，造成民办学校与公办学校事实上的不平等境遇。
三、如何适用国家有关学校税收优惠政策，界限始终不清晰
《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》规定，对非营利组织获得免税资格认定的条件之一是“投入人对投入该组织的财产不保留或者享有任何财产权利”，此规定导致大部分民办学校将无法通过免税资格的认定，从而成为企业所得税的纳税主体。一些地区已出现对民办学校补征企业所得税的现象。税务执法人员仅从民办学校财务报表中，看民办学校经营是否有赢余，若有则按对营利性组织税收征管办法对其征收所得税。这一做法表面上未把民办学校当作营利性组织，但事实上已把民办学校视为营利机构。
四、视同企业缴税，有违公益属性
民办教育同福利院、养老院一样，具有公益属性，如果完全将营利性学校等同于一般企业对待，那么营利性学校将缴纳10多种税,主要有营业税、企业所得税、城镇土地使用税、房产税、城市维护建设税、耕地占用税、土地增值税、车辆购置税、车船税、印花税、契税。若涉及进口教学仪器及科研设备，还需缴纳关税及进口商品增值税。其办学成本将在现有基础上增加30%以上，对从事学历教育的民办学校而言，在生源十分有限、竞争越来越激烈的情况下，将不堪重负、难以为继。
在现有法制框架下，民办学校既不能享受政府补贴、税费减免等，也不能合法合规地获得经济收益，两头都落空，制约了学校发展，压制了民间资金投入教育的积极性。为促进民办教育进一步发展，我们建议以分类管理为基础，明确民办学校的税收优惠配套政策：
一、完善民办教育税收制度，保障健康发展
完善针对不同类型民办学校的税收优惠政策，对非营利性与营利性分别采取相对公平且有利各自发展的税收优惠政策，细化合理回报解决办法，区别对待不同诉求。
二、有的放矢制定扶持政策，最大限度地引导和保障公益性
通过分类管理，让选择非营利的民办学校获得更多的税收优惠。非营利性民办学校原本积累的教育资产的所有权可保持不变，但学校必须接受政府的监管，学校收益不能成为私人收益，不能用于分红，可以继续用于发展民办教育事业。三、支持规范民办教育发展，鼓励社会力量和民间资本提供多样化教育服务落实十三五规划要求，以教育服务业为公共服务的突破口。对营利性民办教育也要免收营业税，实行真正的所得税，并采取低税率政策（例如5%、6%）。强化民办教育捐资、融资税收激励，助力非营利性民办学校发展。鼓励公众捐赠教育，对捐赠者个人或组织给予所得税扣除额优惠，建立直接“捐赠抵税”制度。
四、明确营利性学校征税范围比例，使其获得优于一般企业税收优惠
总体上，应让选择营利性的民办学校获得优于一般企业的政策优惠。具体建议：（1）对从事学历教育的营利性学校提供教育劳务取得的收入，以及营利性民办托儿所、幼儿园提供养育服务取得的收入，免征营业税。（2）对于营利性学校的各类合法收入，比照高新技术企业15%的税率收取企业所得税；对营利性学校从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入，不征收企业所得税。（3）对于从事学历教育的营利性学校以及营利性的托儿所、幼儿园自用的房产、土地，暂缓征收房产税、城镇土地使用税；对于营利性教育培训机构自用的房产、土地，减半征收房产税、城镇土地使用税。（4）对于从现有民办非企业单位转设为公司制企业的营利性学校，在不改变教育用地性质的前提下，按账面原值过户的校园用地及校舍，暂缓征收土地增值税和契税。 此外，对于民办学校分类管理后所涉及的其他税收，建议设定过渡期，在过渡期内一律予以缓收或减半征收。
